2005년 11월에 개관한 나가사키 역사문화박물관은 현지에 있었던 나가사키봉행소 다치야마야쿠쇼(長崎奉行所立山役所)을 복원함과 동시에 박물관의 기능도 갖추게 되었습니다. 나가사키학 연구의 거점으로서 자리매김시켜 전시 테마를 「근세 나가사키의 해외교류사」로 정하고 쇄국정책에 유일한 해외교류의 거점이었던 나가사키에 초점을 맞췄습니다. 1층은 뮤지엄 숍, 자료열람실, 나가사키학 상담실 등, 2층은 역사문화전시존, 나가사키봉행소존, 레스토랑, 전통공예 체험공방 등, 3층은 기획전시실로 구성. 국가의 중요문화재 및 미술품을 비롯한 약 48,000점의 수장품을 「체험하기」라는 스타일로 전시. 난반센(南蛮船)의 입항 및 서양인의 풍속을 그린 난반병풍(南蛮屏風)의 「난반진라이초노즈(南蛮人来朝之図)」(17세기), 데지마(出島)네덜란드 쇼우칸이(商館医)시볼트의 전속화가로서 활약한 가와하라 게이가(川原慶賀)의 「도우란칸즈(唐蘭館図)」(19세기)는 각각 국가인정 중요미술품입니다. 나가사키봉행소의 200년간의 재판기록 「(범과장)犯科張」, 1855년 「니치란조약서(日蘭条約書)」 (국가 지정중요문화재) 등 나가사키만의 해외교류사를 대변해 주는 귀중한 역사자료관도 있습니다.