아마쿠사키리시탄관은 키리시탄의 유물, 고고 자료, 옛 도자기 등, 아마쿠사 시마바라의 난(天草島原の乱)을 중심으로 한 천주교의 역사를 현장감이 넘치고 알기 쉽게 전시되어 있습니다. 그중에서도 국가지정 중요문화재인 「아마쿠사시로진중기(天草四郎陣中旗)」는 꼭 볼만하며 그 밖에 「교케시노쓰보(経消しの壺)」「로자리오」 및 천주교 금제(禁制)의 「고우사쓰(高札)」「슈시온아라타메에부미초(宗旨御改絵踏帳)」 등이 있습니다. 그 밖에도 천령시대(天領時代)의 아마쿠사의 초대 대관(代官), 스즈키 시게나리 공의 공적 및 메이지시대의 문호 기타하라 하쿠슈(北原白秋) 등을 일거에 전시하고 있습니다.