平成17年11月に開館。建物は江戸時代長崎の行政・司法・外交など幅広い役割を果たしていた長崎奉行所立山役所を、ほぼ同じ場所に復元しています。
　国の重要文化財や美術品をはじめとする、約8万1千点の収蔵品を「見る」だけでなく「体験する」ことを重視した展示で、長崎そして日本の海外交流史を、わかりやすく楽しく学ぶことができます。